arraying

Arraying criterion

Kriterium ankreuzen

Upstream considerations: microarray technology The principle of a microarray experiment, as opposed to the classical northern-blotting analysis, is that mRNA from a given cell line or tissue is used to generate a labelled sample, sometimes termed the ‘target’, which is hybridized in parallel to a large number of DNA sequences, immobilized on a solid surface in an ordered array1. Tens of thousands of transcript species can be detected and quantified simultaneously. During recent years, DNA microarray technology has been advancing rapidly. The development of more powerful robots for arraying, new surface technology for glass slides, and new labelling protocols and dyes, together with increasing genome-sequence information for different organisms, including humans, will enable us to extend the quality and complexity of microarray experiments.

Stromaufwärtigen Überlegungen: Microarraytechnologie Das Prinzip einer Mikroarray-Experiment, im Gegensatz zu dem klassischen nördlichen-Blotting-Analyse ist im Gegensatz daß mRNA aus einer bestimmten Zelllinie oder Gewebe verwendet wird, um eine markierte Probe zu erzeugen, manchmal als das "Ziel", das hybridisiert parallel zu einer großen Anzahl von DNA-Sequenzen, auf einer festen Oberfläche in einer geordneten array1 immobilisiert. Zehntausende Transkript Spezies nachgewiesen und quantifiziert werden gleichzeitig. In den letzten Jahren hat sich DNA-Mikroarray-Technologie schnell voran. Die Entwicklung leistungsfähiger Roboter zum Anordnen, neue Oberflächentechnologie für Objektträger und neue Kennzeichnung Protokolle und Farbstoffe, zusammen mit einer Steigerung Genom-Sequenz-Informationen für verschiedene Organismen, einschließlich des Menschen, wird es uns ermöglichen, die Qualität und Komplexität der Microarray-Experimente zu erweitern.

Spotted arrays allow a greater degree of flexibility in the choice of arrayed elements, particularly for the preparation of smaller, customized arrays for specific investigations. As a result, cDNA gridded arrays have so far been the technique most frequently used in academic labs (see http://cmgm.stanford.edu/pbrown/mguide/ index.html and http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15K/HTML for information about cDNA array technology). In addition, arraying of unsequenced clones from cDNA libraries can be useful for gene discovery. However, with prices for oligonucleotide synthesis falling all the time, spotted long-oligonucleotide arrays could be a viable alternative for the future

Spotted Arrays erlauben einen größeren Grad an Flexibilität bei der Wahl von angeordneten Elementen, insbesondere für die Herstellung von kleineren, maßgeschneiderte Arrays für spezifische Untersuchungen. Als Ergebnis haben cDNA gerasterten Arrays bisher der Technik am häufigsten in akademischen Laboratorien verwendet werden (siehe http://cmgm.stanford.edu/pbrown/mguide/ index.html und http://www.nhgri.nih.gov / DIR/LCG/15K/HTML Informationen über cDNA-Array-Technologie). Darüber hinaus kann der Aufreihungsrichtung unsequenced Klone aus cDNA-Bibliotheken nützlich sein Genentdeckung. Allerdings mit Preisen für die Oligonukleotidsynthese fallen die ganze Zeit, entdeckte lange Oligonukleotid-Arrays könnte eine gangbare Alternative für die Zukunft sein

Figure 1 Schematic overview of probe array and target preparation for spotted cDNA microarrays and high-density oligonucleotide microarrays. a, cDNA microarrays. Array preparation: inserts from cDNA collections or libraries (such as IMAGE libraries) are amplified using either vector-specific or gene-specific primers. PCR products are printed at specified sites on glass slides using high-precision arraying robots. Through the use of chemical linkers, selective covalent attachment of the coding strand to the glass surface can be achieved. Target preparation: RNA from two different tissues or cell populations is used to synthesize single-stranded cDNA in the presence of nucleotides labelled with two different fluorescent dyes (for example, Cy3 and Cy5).

Abbildung 1 Schematische Darstellung der Ziel-und Sonden-Array Vorbereitung beschmutzt cDNA-Mikroarrays und hochdichten Oligonukleotid-Mikroarrays. a, cDNA-Mikroarrays. Array Zubereitung: Einsätze aus cDNA-Sammlungen oder Bibliotheken (wie Bild-Bibliotheken) werden verstärkt entweder mit Vektor-spezifische oder Gen-spezifischen Primer. PCR-Produkte werden an bestimmten Standorten auf Glasplättchen mit hochpräzisen Ordnungsabschnitt Roboter gedruckt. Durch den Einsatz von chemischen Linker können selektive kovalente Bindung des codierenden Stranges an der Glasoberfläche erreicht. Zielpräparation: RNA aus zwei verschiedenen Geweben oder Zellpopulationen verwendet, um einzelsträngige cDNA in Gegenwart von Nukleotiden mit zwei unterschiedlichen Fluoreszenzfarbstoffen (beispielsweise Cy3 und Cy5) markierten synthetisieren.