helices

Helices

Helix

HELICES

HELICES

A monomer consist of 10 helices, joined by loop and formed a large central cavity.

Ein Monomer bestehen aus 10 Helices, verbunden durch Schleife und bildeten einen großen zentralen Hohlraum.

An alternative possibility for binding Tb at a defined position within a protein is to introduce an EF-hand motif, which usually binds Ca. However, because of the similar ionic radii of Ca and Tb (1.06 and 0.98 Å), Tb also binds well to these motifs. Typically, an EF-hand motif is composed of two helices connected by a loop containing 12 amino acids that form the metal coordination site (Fig. 1B). The amino acids at positions 1, 3, 5, 7, 9, and 12 of the metal-binding site, and often a coordinating water molecule, provide seven coordination oxygens for the cation, conferring high selectivity for Ca or Tb. Database analysis reveals that high-affinity EF-hand motifs contain acidic amino acids at most or all of the coordinating positions, with the exception of position 7 (Trp), where the coordination oxygen is provided by the main chain.

Eine alternative Möglichkeit zur Bindung Tb an einer definierten Position innerhalb eines Proteins ist es, ein EF-Hand-Motiv, das in der Regel bindet Ca einzuführen. Jedoch aufgrund der ähnlichen Ionenradien von Ca und Tb (1,06 und 0,98 Å), Tb bindet ebenfalls gut auf diese Motive. Typischerweise wird ein EF-Hand Motiv zweier Helices durch eine Schleife, die 12 Aminosäuren, die das Metall Koordinationsstelle (1B) zu bilden verbunden sind. Die Aminosäuren an Positionen 1, 3, 5, 7, 9 und 12 der Metall-Bindungsstelle, und oft eine koordinierende Wassermolekül, liefern sieben Koordinierung Sauerstoffen für das Kation, zur Übertragung hoher Selektivität für Ca oder Tb ist. Datenbank-Analyse zeigt, dass hochaffine EF-Hand-Motive enthalten saure Aminosäuren am meisten oder allen der Koordinierung von Positionen, mit Ausnahme der Position 7 (Trp), bei denen die Koordination Sauerstoff durch die Hauptkette vorgesehen ist.

• Prediction of transmembrane helices in proteins

• Vorhersage des transmembrane Helices in Proteinen

Prediction of transmembrane helices in proteins

Vorhersage des transmembrane Helices in Proteinen

‘wedging’ through amphipathic helices or hairpin-insertions

"verkeilen" durch amphipathische helices oder Haarnadel-Einfügungen

two compact domains each containing five alpha helices

zwei kompakte Domänen enthält fünf Alpha-helices